Главном ботаническом саду 13 научных отделов и лабораторий и один филиал, а также 1 группа.

Структурные научные подразделения

• Отдел флоры
• Отдел дендрологии
• Отдел тропических и субтропических растений
• Отдел декоративных растений
• Отдел культурных растений
• Отдел защиты растений с карантинной службой
• Отдел отдаленной гибридизации
• Лаборатория гербарий (Гербарий)
• Лаборатория физиологии и биохимии растений
• Лаборатория физиологии и иммунитета растений
• Лаборатория ландшафтной архитектуры
• Лаборатория биотехнологии растений
• Отдел внедрения научно-технических разработок
• Чебоксарский филиал (Чебоксарский ботанический сад)

Неструктурные научные подразделения

Группа хемосистематики и эволюционной биохимии растений

Кроме того в Саду имеются научно-технические, научно-вспомогательные и производственные структурные подразделения